­Établissement de droit privé et fondation reconnue d'utilité publique depuis 1981, l'IHÉS est soutenu par le Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche à hauteur de 50% de son budget de fonctionnement, et doit chaque année trouver les ressources restantes pour son fonctionnement ainsi que pour financer de nouvelles activités ou l'entretien de ses infrastructures.

Un réseau de partenaires institutionnels français et internationaux le soutient; néanmoins, l'Institut mène depuis 2000 une politique dynamique en matière de recherche de fonds privés en réalisant des campagnes internationales de levée de fonds.

La première campagne a permis de réunir plus de 10 M€ et de réaliser une amorce de fonds propres. La Campagne du Cinquantenaire, actuellement en cours, a déjà récolté plus de 21 M€.