jprotein.data.datatype
Class Atom

java.lang.Object
  extended by jprotein.data.datatype.Atom

public class Atom
extends java.lang.Object

Classe représentant les atomes ainsi que leurs coordonnées 3D et gérant leur accessibilité par rapport à une sonde (paramètre "probe_radius" du fichier de configuration). La surface accessible d'un atome est discrétisée en numVect*numVect points stockés dans le vecteur cloud.


Constructor Summary
Atom(java.lang.String symbol)
           
Atom(java.lang.String symbol, javax.vecmath.Point3f coord)
           
 
Method Summary
 float distance(Atom atom)
          Méthodes pour le calcul de la distance entre deux atomes.
 float distance(javax.vecmath.Point3f point)
           
 float distance(Residue3D residue)
           
 boolean equals(java.lang.Object o)
          Méthode equals qui ne compare deux atomes que par rapport à leurs noms.
 double getAtomAccessibleSurfaceArea()
          Retourne la surface de l'atome qui est accessible.
 int getAtomIndex()
           
static int getAtomIndex(char symbol)
          Methodes statiques retournant des caractéristiques générale des atomes
 double getAtomSurfaceArea()
           
 javax.vecmath.Point3f getCoordinates()
           
 java.lang.String getName()
           
 double getPercentAccessibility()
          Retourne le pourcentage de la surface de l'atome qui est accessible.
 javax.vecmath.Point3f getProjection(int i)
           
 float getRadius()
           
static float getRadius(char symbol)
           
 char getSymbol()
           
 void initAccess()
          Initialisation à "true" de l'accessibilité des points discrétisant la surface de la sphère représentant l'atome.
 boolean isAccessible(int i)
           
 boolean isSideChainAtom()
          l'atome appartient il à une chaine latérale
 void setAccessibility(Atom atom)
          Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome par défaut (oxygène) sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom.
 void setAccessibility(Atom atom, float probeRadius)
          Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome sonde de rayon probeRadius sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom.
 void setAccessibility(Atom atom, float probeRadius, float noise)
          Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome sonde de rayon probeRadius sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom en spécifiant un bruit (?).
 void setAccessible(boolean b, int i)
           
 void setCoordinates(javax.vecmath.Point3f coord)
           
 void setName(java.lang.String name)
           
 void setSymbol(char symbol)
           
 java.lang.String toString()
           
 
Methods inherited from class java.lang.Object
getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait
 

Constructor Detail

Atom

public Atom(java.lang.String symbol)

Atom

public Atom(java.lang.String symbol,
            javax.vecmath.Point3f coord)
Method Detail

getAtomIndex

public static int getAtomIndex(char symbol)
Methodes statiques retournant des caractéristiques générale des atomes


getRadius

public static float getRadius(char symbol)

getAtomIndex

public int getAtomIndex()

getCoordinates

public javax.vecmath.Point3f getCoordinates()

getName

public java.lang.String getName()

getRadius

public float getRadius()

getSymbol

public char getSymbol()

getAtomSurfaceArea

public double getAtomSurfaceArea()

isAccessible

public boolean isAccessible(int i)

getProjection

public javax.vecmath.Point3f getProjection(int i)

setSymbol

public void setSymbol(char symbol)

setCoordinates

public void setCoordinates(javax.vecmath.Point3f coord)

setName

public void setName(java.lang.String name)

setAccessible

public void setAccessible(boolean b,
                          int i)

toString

public java.lang.String toString()
Overrides:
toString in class java.lang.Object

isSideChainAtom

public boolean isSideChainAtom()
l'atome appartient il à une chaine latérale


distance

public float distance(Atom atom)
Méthodes pour le calcul de la distance entre deux atomes.


distance

public float distance(Residue3D residue)

distance

public float distance(javax.vecmath.Point3f point)

getPercentAccessibility

public double getPercentAccessibility()
Retourne le pourcentage de la surface de l'atome qui est accessible.


getAtomAccessibleSurfaceArea

public double getAtomAccessibleSurfaceArea()
Retourne la surface de l'atome qui est accessible.


setAccessibility

public void setAccessibility(Atom atom)
Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome par défaut (oxygène) sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom.


setAccessibility

public void setAccessibility(Atom atom,
                             float probeRadius)
Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome sonde de rayon probeRadius sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom.


setAccessibility

public void setAccessibility(Atom atom,
                             float probeRadius,
                             float noise)
Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome sonde de rayon probeRadius sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom en spécifiant un bruit (?).


initAccess

public void initAccess()
Initialisation à "true" de l'accessibilité des points discrétisant la surface de la sphère représentant l'atome.


equals

public boolean equals(java.lang.Object o)
Méthode equals qui ne compare deux atomes que par rapport à leurs noms.

Overrides:
equals in class java.lang.Object