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SUMMARY: NESTED | FIELD | CONSTR | METHOD | DETAIL: FIELD | CONSTR | METHOD |
java.lang.Objectjprotein.data.datatype.Residue
jprotein.data.datatype.Residue3D
public class Residue3D
On ajoute une chaine squelette, une chaine laterale (composes d'atomes), un centre de gravite, un rayon max (par rapport au centre de gravite) et un sequence_break (?) à la classe residu. Les coordonnees sont stockees dans les atomes qui constituent le residu.
Constructor Summary | |
---|---|
Residue3D(java.lang.String residue)
CONSTRUCTEURS |
|
Residue3D(java.lang.String residue,
int pos)
|
Method Summary | |
---|---|
void |
addAtom(java.lang.String name,
javax.vecmath.Point3f coord3D)
Ajout d'atomes |
boolean |
containsAtomCoordinates()
|
float |
distance(Residue3D residue)
Calcul de la distance entre les 2 carbones alpha de 2 residus. |
boolean |
equals(java.lang.Object o)
|
java.util.Vector |
getAllAtoms()
|
javax.vecmath.Point3f |
getCarbonAlphaCoordinates()
Coordonnees du carbone alpha qui est en position 0 du squelette |
javax.vecmath.Point3f |
getCenterGravityCoordinates()
Calcul du centre de gravite |
float |
getRadius()
Calcul du rayon max par rapport au centre de gravite |
Atom |
getSideChainAtom(int i)
|
int |
getSideChainSize()
Accesseurs de la chaine laterale |
Atom |
getSqueletonAtom(int i)
Accesseurs d'atomes (dans la chaine laterale et le squelette |
Atom |
getSqueletonAtom(java.lang.String atomName)
|
int |
getSqueletonSize()
Accesseurs de la chaine squelette |
boolean |
hasSequenceBreak()
ACCESSEURS |
float |
minAtomDistance(Residue3D residue)
Calcul de la distance minimale entre deux residus (en comparant les distance entre leur atomes). |
float |
minSideChainDistance(Residue3D residue)
Calcul de la distance minimale entre deux chaines laterales de deux residus (en comparant les distance entre leur atomes). |
void |
setSequenceBreak(boolean sequenceBreak)
|
Methods inherited from class jprotein.data.datatype.Residue |
---|
getPosition, getResidueCode, getResidueCode, getResidueIndex, getResidueIndex, getResidueIndex, getResidueSymbol, getResidueSymbol, isAccessible, setAccessibility, setPosition, toString |
Methods inherited from class java.lang.Object |
---|
getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait |
Constructor Detail |
---|
public Residue3D(java.lang.String residue)
public Residue3D(java.lang.String residue, int pos)
Method Detail |
---|
public void addAtom(java.lang.String name, javax.vecmath.Point3f coord3D)
public void setSequenceBreak(boolean sequenceBreak)
public boolean hasSequenceBreak()
public boolean containsAtomCoordinates()
public int getSqueletonSize()
public int getSideChainSize()
public java.util.Vector getAllAtoms()
public Atom getSqueletonAtom(int i)
public Atom getSqueletonAtom(java.lang.String atomName)
public Atom getSideChainAtom(int i)
public javax.vecmath.Point3f getCarbonAlphaCoordinates()
public javax.vecmath.Point3f getCenterGravityCoordinates()
public float getRadius()
public float minAtomDistance(Residue3D residue)
public float minSideChainDistance(Residue3D residue)
public float distance(Residue3D residue)
public boolean equals(java.lang.Object o)
equals
in class Residue
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