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SUMMARY: NESTED | FIELD | CONSTR | METHOD | DETAIL: FIELD | CONSTR | METHOD |
java.lang.Objectjprotein.data.datatype.Atom
public class Atom
Classe représentant les atomes ainsi que leurs coordonnées 3D et gérant leur accessibilité par rapport à une sonde (paramètre "probe_radius" du fichier de configuration). La surface accessible d'un atome est discrétisée en numVect*numVect points stockés dans le vecteur cloud.
Constructor Summary | |
---|---|
Atom(java.lang.String symbol)
|
|
Atom(java.lang.String symbol,
javax.vecmath.Point3f coord)
|
Method Summary | |
---|---|
float |
distance(Atom atom)
Méthodes pour le calcul de la distance entre deux atomes. |
float |
distance(javax.vecmath.Point3f point)
|
float |
distance(Residue3D residue)
|
boolean |
equals(java.lang.Object o)
Méthode equals qui ne compare deux atomes que par rapport à leurs noms. |
double |
getAtomAccessibleSurfaceArea()
Retourne la surface de l'atome qui est accessible. |
int |
getAtomIndex()
|
static int |
getAtomIndex(char symbol)
Methodes statiques retournant des caractéristiques générale des atomes |
double |
getAtomSurfaceArea()
|
javax.vecmath.Point3f |
getCoordinates()
|
java.lang.String |
getName()
|
double |
getPercentAccessibility()
Retourne le pourcentage de la surface de l'atome qui est accessible. |
javax.vecmath.Point3f |
getProjection(int i)
|
float |
getRadius()
|
static float |
getRadius(char symbol)
|
char |
getSymbol()
|
void |
initAccess()
Initialisation à "true" de l'accessibilité des points discrétisant la surface de la sphère représentant l'atome. |
boolean |
isAccessible(int i)
|
boolean |
isSideChainAtom()
l'atome appartient il à une chaine latérale |
void |
setAccessibility(Atom atom)
Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome par défaut (oxygène) sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom. |
void |
setAccessibility(Atom atom,
float probeRadius)
Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome sonde de rayon probeRadius sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom. |
void |
setAccessibility(Atom atom,
float probeRadius,
float noise)
Méthode pour calculer les points accessibles de l'atome courant par un atome sonde de rayon probeRadius sachant que l'espace est aussi encombré par l'atome atom en spécifiant un bruit (?). |
void |
setAccessible(boolean b,
int i)
|
void |
setCoordinates(javax.vecmath.Point3f coord)
|
void |
setName(java.lang.String name)
|
void |
setSymbol(char symbol)
|
java.lang.String |
toString()
|
Methods inherited from class java.lang.Object |
---|
getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait |
Constructor Detail |
---|
public Atom(java.lang.String symbol)
public Atom(java.lang.String symbol, javax.vecmath.Point3f coord)
Method Detail |
---|
public static int getAtomIndex(char symbol)
public static float getRadius(char symbol)
public int getAtomIndex()
public javax.vecmath.Point3f getCoordinates()
public java.lang.String getName()
public float getRadius()
public char getSymbol()
public double getAtomSurfaceArea()
public boolean isAccessible(int i)
public javax.vecmath.Point3f getProjection(int i)
public void setSymbol(char symbol)
public void setCoordinates(javax.vecmath.Point3f coord)
public void setName(java.lang.String name)
public void setAccessible(boolean b, int i)
public java.lang.String toString()
toString
in class java.lang.Object
public boolean isSideChainAtom()
public float distance(Atom atom)
public float distance(Residue3D residue)
public float distance(javax.vecmath.Point3f point)
public double getPercentAccessibility()
public double getAtomAccessibleSurfaceArea()
public void setAccessibility(Atom atom)
public void setAccessibility(Atom atom, float probeRadius)
public void setAccessibility(Atom atom, float probeRadius, float noise)
public void initAccess()
public boolean equals(java.lang.Object o)
equals
in class java.lang.Object
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SUMMARY: NESTED | FIELD | CONSTR | METHOD | DETAIL: FIELD | CONSTR | METHOD |