Cours M1 - BIM, UPMC

Algorithmes sur les Arbres et les Graphes en Bioinformatique

Cours: Martine Boccara et Alessandra Carbone
TD/TME: Severine Affeldt


Support de cours:

Slides/Notes des cours - provided in class Introduction à la biologie par Martine Boccara sept-oct
L2_AAGB_sequence_reconstruction.pdf Algorithmes de reconstruction de longues séquences 2013
L3_AAGB_genome_rearrangement.pdf Algorithmes pour analyser les réarrangements des génomes 2013

L4_AAGB_Arbres_Phylogenetiques.pdf

Algorithmes de réconstruction d'arbres phylogénétiques

2013
L5_AAGB_Networks.pdf Réseaux biologiques et algorithmes pour leurs génération et analyse 2013
L6_AAGB_Motifs_Networks Recherche de motifs dans les réseaux biologiques 2013


 

 

Annales_2006.pdf

Annales_2008.pdf  

 

Modalités d'examen - Lundi 6 Janvier 2014 - en salle de cours - heure habituelle

Articles a télécharger:

A.Carbone, M.Gromov, Mathematical Slices of Molecular Biology, La Gazette des Mathématiciens, Numéro spécial 88:11-80, Société Mathématique de France, 2001.

J.Baussand, A.Carbone, Metagénomique bacterienne et virale - nouvelles définitions d'espace microbien et nouveaux défis algorithmiques, Technique et Sciences Informatiques, numéro spécial portant sur "Modelisation et simulation pour la post-génomique", Hérmes, 2007.

P.Bonizzoni, G.Della Vedova, R.Dondi, J.Lix, The Haplotyping Problem: An Overview of Computational Models and Solutions, preprint, 2003.