jprotein.data.datatype
Class Residue3D

java.lang.Object
  extended by jprotein.data.datatype.Residue
      extended by jprotein.data.datatype.Residue3D

public class Residue3D
extends Residue

On ajoute une chaine squelette, une chaine laterale (composes d'atomes), un centre de gravite, un rayon max (par rapport au centre de gravite) et un sequence_break (?) à la classe residu. Les coordonnees sont stockees dans les atomes qui constituent le residu.


Constructor Summary
Residue3D(java.lang.String residue)
          CONSTRUCTEURS
Residue3D(java.lang.String residue, int pos)
           
 
Method Summary
 void addAtom(java.lang.String name, javax.vecmath.Point3f coord3D)
          Ajout d'atomes
 boolean containsAtomCoordinates()
           
 float distance(Residue3D residue)
          Calcul de la distance entre les 2 carbones alpha de 2 residus.
 boolean equals(java.lang.Object o)
           
 java.util.Vector getAllAtoms()
           
 javax.vecmath.Point3f getCarbonAlphaCoordinates()
          Coordonnees du carbone alpha qui est en position 0 du squelette
 javax.vecmath.Point3f getCenterGravityCoordinates()
          Calcul du centre de gravite
 float getRadius()
          Calcul du rayon max par rapport au centre de gravite
 Atom getSideChainAtom(int i)
           
 int getSideChainSize()
          Accesseurs de la chaine laterale
 Atom getSqueletonAtom(int i)
          Accesseurs d'atomes (dans la chaine laterale et le squelette
 Atom getSqueletonAtom(java.lang.String atomName)
           
 int getSqueletonSize()
          Accesseurs de la chaine squelette
 boolean hasSequenceBreak()
          ACCESSEURS
 float minAtomDistance(Residue3D residue)
          Calcul de la distance minimale entre deux residus (en comparant les distance entre leur atomes).
 float minSideChainDistance(Residue3D residue)
          Calcul de la distance minimale entre deux chaines laterales de deux residus (en comparant les distance entre leur atomes).
 void setSequenceBreak(boolean sequenceBreak)
           
 
Methods inherited from class jprotein.data.datatype.Residue
getPosition, getResidueCode, getResidueCode, getResidueIndex, getResidueIndex, getResidueIndex, getResidueSymbol, getResidueSymbol, isAccessible, setAccessibility, setPosition, toString
 
Methods inherited from class java.lang.Object
getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait
 

Constructor Detail

Residue3D

public Residue3D(java.lang.String residue)
CONSTRUCTEURS


Residue3D

public Residue3D(java.lang.String residue,
                 int pos)
Method Detail

addAtom

public void addAtom(java.lang.String name,
                    javax.vecmath.Point3f coord3D)
Ajout d'atomes


setSequenceBreak

public void setSequenceBreak(boolean sequenceBreak)

hasSequenceBreak

public boolean hasSequenceBreak()
ACCESSEURS


containsAtomCoordinates

public boolean containsAtomCoordinates()

getSqueletonSize

public int getSqueletonSize()
Accesseurs de la chaine squelette


getSideChainSize

public int getSideChainSize()
Accesseurs de la chaine laterale


getAllAtoms

public java.util.Vector getAllAtoms()

getSqueletonAtom

public Atom getSqueletonAtom(int i)
Accesseurs d'atomes (dans la chaine laterale et le squelette


getSqueletonAtom

public Atom getSqueletonAtom(java.lang.String atomName)

getSideChainAtom

public Atom getSideChainAtom(int i)

getCarbonAlphaCoordinates

public javax.vecmath.Point3f getCarbonAlphaCoordinates()
Coordonnees du carbone alpha qui est en position 0 du squelette


getCenterGravityCoordinates

public javax.vecmath.Point3f getCenterGravityCoordinates()
Calcul du centre de gravite


getRadius

public float getRadius()
Calcul du rayon max par rapport au centre de gravite


minAtomDistance

public float minAtomDistance(Residue3D residue)
Calcul de la distance minimale entre deux residus (en comparant les distance entre leur atomes).


minSideChainDistance

public float minSideChainDistance(Residue3D residue)
Calcul de la distance minimale entre deux chaines laterales de deux residus (en comparant les distance entre leur atomes).


distance

public float distance(Residue3D residue)
Calcul de la distance entre les 2 carbones alpha de 2 residus.


equals

public boolean equals(java.lang.Object o)
Overrides:
equals in class Residue